tophat samtools bowtie/bowtie2 cufflinks的安装

By | 2014 年 1 月 2 日

安装tophat,需要依赖 samtools bowtie/bowtie2 boost 等软件。

首先,cd    /home/test/software

注意 我的系统是64位,各位要按照自己的系统下载对应文件

请注意空格” ” 以及 小黑点”.”

1.安装boost

1. 点我下载 

tar -xzvf  boost_1_55_0.tar.gz

cd boost_1_55_0

./bootstrap.sh
./bjam – -prefix=/home/test/software/boost_1_55_0  install (前面两个- 是连在一起的)
在系统中添加路径:

打开 文件 ~/.bashrc  我一般用vim(vim ~/.bashrc);unbuntu可以用记事本打开(ctrl+h 显示隐藏文件)

添加以下内容:

export PATH=/home/test/software/boost_1_55_0 

保存,退出,更新路径:

source ~/.bashrc

2.安装 bowtie / bowtie2 (因为要翻墙,所以我直接下载到网盘了)

1. 点我下载   密码: f3qh

解压:

unzip bowtie-1.0.0-linux-x86_64.zip

unzip bowtie2-2.0.0-beta6-linux-x86_64.zip

make

添加路径:

打开 文件 ~/.bashrc  我一般用vim(vim ~/.bashrc);unbuntu可以用记事本打开(ctrl+h 显示隐藏文件)

添加以下内容:

export PATH=/home/test/software/bowtie-1.0.0-linux-x86_64

export PATH=/home/test/software/bowtie2-2.0.0-beta6-linux-x86_64

保存(按ESC 之后 wq回车)

更新路径:

source ~/.bashrc

 3.安装 samtools

1.点我下载  密码: f3qh

bunzip2 samtools-0.1.16.tar.bz2
tar xvf samtools-0.1.16.tar
cd samtools-0.1.16
make
添加系统路径:

打开 文件 ~/.bashrc  我一般用vim(vim ~/.bashrc);unbuntu可以用记事本打开(ctrl+h 显示隐藏文件)

添加以下内容:

export PATH=/home/test/software/samtools-0.1.16

保存(按ESC 之后 wq回车)

更新路径:

source ~/.bashrc

4.安装tophat

tar zxvf tophat-1.2.0.tar.gz
cd tophat-1.2.0
添加系统路径:

打开 文件 ~/.bashrc  我一般用vim(vim ~/.bashrc);unbuntu可以用记事本打开(ctrl+h 显示隐藏文件)

添加以下内容:

export PATH=/home/test/software/tophat-1.2.0

保存(按ESC 之后 wq回车)

更新路径:

source ~/.bashrc

5.cufflinks 的安装

方法同上。

下载地址:点我

参考资料:

  • http://tophat.cbcb.umd.edu/manual.html
  • http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
  • http://samtools.sourceforge.net/


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